Работает apt-get update / upgrdae

Я все еще довольно новичок в Linux / Ubuntu и вот мой основной вопрос. Я установил mongoDB версии 2.6.5 на 64-битную версию Ubuntu 14.0.4. Время от времени мне сообщают о необходимости обновления системы. Мне интересно, скажу ли я нормально этим обновлениям (или запускаю команды apt-get update / upgrade вручную), это нарушит какие-либо из моих зависимостей?

Как я могу контролировать / выбирать то, что обновляется?

Спасибо