Проблема в доступе к жестким дискам программами

До сегодняшнего дня я использовал Ubuntu 12.04, но после многих предложений по обновлению до 14.04 я наконец-то сделал это. Однако я больше не могу использовать artemis (программу анализа последовательности ДНК), когда ей нужно открывать файлы на внешних и внутренних дополнительных жестких дисках. Программа работает нормально, когда у нее есть файлы на основном жестком диске, но похоже, что у нее нет "разрешения" открывать дополнительные жесткие диски. То же самое происходит с терминала. При использовании команды dir /media я вижу только два моих жестких диска, но я могу легко получить доступ к своим файлам на этих дисках через файловые окна. Другие программы, seaview, libroffice не имеют этой проблемы, но программа NCBI BLAST не имеет доступа к файлам на внешних дисках.

Буду очень признателен за решение, так как я очень расстроен по этому поводу.

Любые предложения приветствуются.

Ян Веенстра