Настройте skypeforlinux для использования набора ключей kwallet
Как настроить Ubuntu для получения Skype для автологина с помощью KWallet?
Похоже, что skypeforlinux использует gnome-keyring в качестве набора ключей по умолчанию, в то время как для skype 4.6 существует возможность определить его.