Установите LD_LIBRARY_PATH правильно
Я использую Docker с изображением Ubuntu 16.04. Я использую этот докер для запуска:
- Импорт классов C++ в python с помощью boost.python
- Импортируйте пакет python в Matlab с помощью Matlab Runtime (MCR).
Прежде чем я установил MCR в докер, я установил boost, используя:
$ sudo apt-get install -y libboost-all-dev
и я смог обернуть классы C++ и вызвать их в Python. Затем я установил MCR и одним из требований является LD_LIBRARY_PATH в библиотеку Матлаба.
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64
Это сработало, я смог запустить пакет python от matlab на python, но тестирование оболочек классов C++ не удалось из-за изменения LD_LIBRARY_PATH, Например, я получаю следующую ошибку при попытке импортировать класс C++ в python:
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0: undefined symbol: XML_SetHashSalt
Если я не установлен LD_LIBRARY_PATH Импорт C++ работает, но MCR не удается. Так что вопрос в том, что LD_LIBRARY_PATH должно быть для того, чтобы успешно запускать как классы C++, так и пакет Python от Matlab?
Я попытался добавить путь для повышения библиотеки LD_LIBRARY_PATH но не работает, поэтому значение env будет:
/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64
РЕДАКТИРОВАТЬ
зависимости файла библиотеки C++ перед установкой LD_LIBRARY_PATH:
linux-vdso.so.1 (0x00007ffcee0dc000)
libpython3.4m.so.1.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0 (0x00007f9d69e59000)
libboost_python-py34.so.1.55.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_python-py34.so.1.55.0 (0x00007f9d69c09000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f9d698fe000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f9d695fd000)
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f9d693e7000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f9d6903c000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f9d68e34000)
libexpat.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so.1 (0x00007f9d68c0b000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f9d689f0000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f9d687d3000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f9d685cf000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f9d683cc000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f9d6a6c3000)
После настройки the LD_LIBRARY_PATH:
linux-vdso.so.1 (0x00007ffc42e9b000)
libpython3.4m.so.1.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpython3.4m.so.1.0 (0x00007fad9635b000)
libboost_python-py34.so.1.55.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_python-py34.so.1.55.0 (0x00007fad9610b000)
libstdc++.so.6 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 (0x00007fad95d8a000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fad95a89000)
libgcc_s.so.1 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64/libgcc_s.so.1 (0x00007fad95873000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fad954c8000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007fad952c0000)
libexpat.so.1 => /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64/libexpat.so.1 (0x00007fad95095000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007fad94e7a000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fad94c5d000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007fad94a59000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007fad94856000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fad96bc5000)
3 ответа
Единственный способ, которым это сработало для меня, это определить LD_PRELOAD и укажите на системную библиотеку. Так что моя текущая среда будет:
LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/opengl/lib/glnxa64
LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libexpat.so
Итак, в докере, я создал .matlab файл, который содержит упомянутые переменные env. Затем в dockerfile я добавил следующее:
services:
django: &django
build:
context: .
dockerfile: ./compose/local/django/Dockerfile
depends_on:
- postgres
volumes:
- .:/app
- shared_upload_tmp:/app_temp
- media:/app/computation_server/media
env_file:
- ./.envs/.local/.django
- ./.envs/.local/.postgres
- ./.envs/.production/.matlab
ports:
- "8800:8000"
command: /start
В этом Q&A Stack Exchange есть несколько способов настройки LD_LIBRARY_PATH ответ с наибольшим количеством голосов предполагает, что это лучший способ:
sudo -H gedit /etc/ld.so.conf.d/randomLibs.conf
внутри файла вы должны написать полный путь к каталогу, который содержит все библиотеки, которые вы хотите добавить в систему, например
/home/linux/myLocalLibs
не забудьте добавить только путь к каталогу, а не полный путь к файлу, все библиотеки внутри этого пути будут автоматически проиндексированы.
Сохранить и запустить sudo ldconfig обновить систему с помощью этой библиотеки.
Вы должны экспортировать LD_LIBRARY_PATH? не могли бы вы просто предвосхитить вызов Matlab, например:
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/runtime/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/bin/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/sys/os/glnxa64:/usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/v94/extern/bin/glnxa64 /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/...
(Я точно не знаю, как называется исполняемый файл)
Вы могли бы поместить это в небольшой сценарий
Во-вторых, можно изменить rpath исполняемого файла или какой-либо библиотеки, чтобы он смотрел в правильном месте напрямую. Я использую патчелф для этого
patchelf --set-rpath
Поскольку задействовано несколько путей, это может быть немного сложнее, хотя