Как установить rgdal на Ubuntu 12.10?
Я изо всех сил пытаюсь установить rgdal библиотека на Ubuntu 12.10.
Установка изнутри R приводит к ошибке:
Ошибка: gdal-config не найден. Сценарий gdal-config, распространяемый с GDAL, не найден. Если вы не установили библиотеки GDAL, вы можете загрузить исходный код с http://www.gdal.org/ Если вы установили библиотеки GDAL, убедитесь, что gdal-config находится на вашем пути. Попробуйте набрать gdal-config в командной строке и посмотрите, работает ли он. Если нет, используйте: --configure-args='- with-gdal-config=/usr/local/bin/gdal-config' с соответствующими значениями для вашей установки.
ОШИБКА: сбой конфигурации для пакета 'rgdal' * удаление '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' Предупреждение в install.packages: установка пакета 'rgdal' имела ненулевой выход статус
R-sig-Geo, эти два вопроса SE и другие сайты указали мне на требования libgdal1-dev,
Но когда я пытался
sudo apt-get установить libgdal1-dev
Я получаю еще одно сообщение об ошибке
Некоторые пакеты не могут быть установлены. Это может означать, что вы запросили невозможную ситуацию, или если вы используете нестабильный дистрибутив, что некоторые необходимые пакеты еще не созданы или не были удалены из Incoming. Следующая информация может помочь разрешить ситуацию:
Следующие пакеты имеют неудовлетворенные зависимости: libgdal1-dev: Зависит от: libgdal-dev, но он не будет установлен. E: Невозможно исправить проблемы, у вас есть поврежденные пакеты.
Опять же - когда я пытаюсь установить libgdal-dev появляется другая ошибка зависимостей
Следующие пакеты имеют неудовлетворенные зависимости: libgdal-dev: Зависит от: libgeos-dev, но он не будет установлен Зависит от: libspatialite-dev, но он не будет установлен
Опять пытаюсь libgeos-dev дает сообщение:
Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.
а также libspatialite-dev:
Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed
Есть ли способ укротить эти зависимости и иметь rgdal работает в Ubuntu?
мой sessionInfo()
Версия R 2.15.1 (2012-06-22) Платформа: x86_64-pc-linux-gnu (64-разрядная версия)
5 ответов
Более свежий ответ можно найти здесь: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html.
По сути, три следующие строки кода должны отсортировать его:
sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library
Потратил много времени на эту проблему, поэтому надеюсь, что этот обновленный ответ будет полезен для других. Дайте мне знать, если так!
Попробуйте запустить их все вместе и указать версии, например:
sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1
apt-get не любит понижать версию пакетов, но будет, если вы укажете это.
Здесь, в январе 2016 года, в Ubuntu 14.04.2 (и с R 3.2.2) мне потребовалось следующее, чтобы установить и rgdal, и дополнительный (и часто очень полезный) пакет gdalUtils:
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'
Обновление: Как и в январе 2017 года, версия libgdal - 1i, поэтому вторая строка кода должна выглядеть так:
sudo apt-get -y install libgdal1i
Откройте терминал, нажав (Ctrl+alt+T) и введите следующую команду.
sudo apt-get update
sudo apt-get install -f
(Это исправит зависимости.)
sudo apt-get autoremove
(удаление ненужных пакетов)
sudo apt-get clean
(Очистить кэш)
Чтобы заставить rgdal установить на Ubuntu 12.04, мне пришлось установить (и удерживать) множество пакетов, зависящих от версии. В основном я пробовал каждый пакет и устанавливал необходимые версии зависимостей, пока не смог вернуться к исходной цели, чтобы установить libgdal1-dev
sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal