Файлы, дублированные без причины, появляются снова после удаления?

Я использую Lubuntu 16.04.1

После успешного копирования содержимого (pdf-файлов) одной папки в новую (как на моем внешнем жестком диске), я заметил, что большинство файлов дублируются в исходной папке (то же имя, тот же размер,...).

Когда я удаляю (или удаляю) один из дублированных файлов, оставшийся файл с тем же именем становится поврежденным, если я восстанавливаю дублированный файл, он "сливается" с его дубликатом без уведомления, а затем файл PDF снова открывается без каких-либо проблем.

Я объединил все дублированные файлы, но когда через некоторое время я снова подключил свой внешний жесткий диск, я заметил, что все эти PDF-файлы снова дублируются!

Дублированные файлы не повреждены, я могу открыть их оба.

Не могли бы вы помочь, пожалуйста?

PS: я должен сказать, что я часто использую этот внешний жесткий диск с Windows Vista (!) (Двойная загрузка).