Невозможно установить пакет geojson для R

Question

Невозможно установить пакет geojson для R

У меня Ubuntu 16.04 и R 3.4.3. Когда я бегу

install.packages("geojson", dep=TRUE)

в R я получаю следующую ошибку:

зависимость 'protolite' недоступна для пакета 'geojson'

Поэтому я бегу

install.packages("protolite", dep=TRUE)

на что я получаю:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Тем не менее, работает protoc --version в терминале я получаю

libprotoc 2.6.1

Похоже, у меня установлена последняя версия. Я тоже пробовал копировать protobuf.pc в /usr/lib/pkconfig/ и настройка PKG_CONFIG_PATH с

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

без успеха. Я не знаю как проверить если pkg-config в моемPATHни как следовать последним инструкциям. В частности, я не знаю, для каких каталогов я должен написать INCLUDE_DIR=... а также LIB_DIR=...,

Как мне поступить?

3

16.04 package-management paths r pkg-config

Источник

Nicu Righeriu 01 мар '18 в 11:11

2 ответа

Другие вопросы по тегам 16.04 package-management paths r pkg-config

N0rbert 01 мар '18 в 18:26 2018-03-01 18:26 · Answer 1 · 2018-03-01 18:26

Вы можете установить пакеты R с помощью следующих действий

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)

Kaushik Sv 10 июн '18 в 12:20 2018-06-10 12:20 · Answer 2 · 2018-06-10 12:20

Я только что обнаружил, что мой /usr/bin/pkg-config (версия 0.29.1 в комплекте с Ubuntu 18.04) является ошибкой. Это не смотрит на каталоги, упомянутые в PKG_CONFIG_PATH (пользовательские каталоги не были замечены в выпуске отладки). Мне пришлось построить более новую версию (0.29.2) из исходного кода. Это решило мою проблему.

Надеюсь, это поможет кому-то