Ошибки установки rgdal в RStudio 1.1 на Ubuntu 16.04

Я использую:
Ubuntu 16.04.4 LTS
Анаконда-навигатор 1.7.0
RStudio 1.1.383

В консоли я отправляю

> install.packages('rgdal')

и получите следующее:

пробуя URL ' https://cran.rstudio.com/src/contrib/rgdal_1.2-16.tar.gz'
Тип контента 'application/x-gzip' длиной 1649449 байт (1,6 МБ)
==================================================
скачал 1,6 МБ

* установка исходного пакета 'rgdal'...
** пакет 'rgdal' успешно распакован и проверены суммы MD5. Настройка: CC: /home/name/anaconda3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc
настроить: CXX: /home/ имя / anaconda3 / bin / x86_64-conda_cos6-linux-gnu-C++
настроить: rgdal: 1.2-16
проверка /usr/bin/svnversion... да
настроить: SVN ревизия: 701
проверка gdal-config... /home/name/anaconda3/bin/gdal-config
проверка юзабилити gdal-config... да
настроить: GDAL: 2.2.2
проверка версии GDAL>= 1.6.3... да
проверка gdal: связывание только с --libs... нет
проверка gdal: связь с --libs и --dep-libs... нет
./configure: строка 1916: /home/name/anaconda3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-C++: такого файла или каталога нет
./configure: строка 1931: /home/name/anaconda3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-C++: такого файла или каталога нет
configure: Ошибка установки: проблемы компиляции и / или компоновки.
configure: error: GDALAllRegister не найден в libgdal.
ОШИБКА: сбой конфигурации для пакета 'rgdal'
* удаление '/home/name/anaconda3/lib/R/library/rgdal'
Предупреждение в install.packages:
установка пакета 'rgdal' имела ненулевой статус выхода

Загруженные исходные пакеты находятся в
'/ TMP /RtmpIDuQu3/downloaded_packages'
Обновление HTML-индекса пакетов в.Library
Создание "packages.html"... готово

Я только что установил gdal и libgdal, так что они должны быть в курсе. Как я могу исправить эти ошибки?

Источник

3 ответа

Для записи у меня такая же проблема и была из-за conda.

Я сделал: conda deactivateа затем install.packages("rgdal") и все работает нормально. Ранее я установил пакеты, упомянутые пользователем 50025.

Обсуждение похожей проблемы с юнитами можно найти здесь:https://github.com/r-quantities/units/issues/223 Все выглядит так, будто проблема связана с conda, который «затеняет системные библиотеки».

Источник

Та же проблема произошла со мной, и это было решено с помощью следующих команд:

sudo apt update
sudo apt install gdal-bin libgdal-dev libproj-dev

Тогда попробуйте:

install.package("rgdal")
Источник

Я нашел ответ в блоге Дина Аттали о настройке сервера Rstudio в Ubuntu.

https://deanattali.com/2015/05/09/setup-rstudio-shiny-server-digital-ocean/

I used the following commands. 

sudo apt-get -y install r-base-dev

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

install.packages('rgdal')
Источник
Другие вопросы по тегам