Как сделать скрипт, который копирует файлы из разных тематических папок?

Question

Как сделать скрипт, который копирует файлы из разных тематических папок?

У меня проблемы с настройкой скрипта, который копирует и конвертирует файлы. То, что я в основном хочу, это сценарий, который берет тему, например

folder/subjects/subject_name/mri/norm.mgz

копирует этот файл в

folder/investigation_folder/fs_norms/subject_name/

и преобразует norm.mgz в norm.nii с помощью mri_convertи делает это с +300 предметами (в папке предметов).

Это должно быть довольно просто... Кто-нибудь может мне здесь помочь?

Я большой новичок! Это пример того, что я хотел бы сделать - с одной темой:

mkdir /mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/

cp /mnt/projects/Project_folder/subjects/gXXX/mri/norm.mgz /mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/

mri_convert mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/norm.mgz mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/norm.nii

Все мои предметы называются г, за которыми следуют 3-4 числа. Теперь мне нужно настроить цикл, который делает это с +300 предметов в /mnt/projects/Project_folder/subjects/ папка.

1

bash scripts

Источник

Silas Nielsen 24 апр '18 в 11:19

1 ответ

Решение

Другие вопросы по тегам bash scripts

pa4080 24 апр '18 в 12:00 2018-04-24 12:00 · Accepted Answer · 2018-04-24 12:00

Вот пример того, как цикл FOR может быть применен в скрипте bash для решения этой задачи:

#!/bin/bash

# Execute do-done inner part for each "item" under "folder/subjects/"
for subject in folder/subjects/*
do
    # Check whether the source file exists
    if [[ -f ${subject}/mri/norm.mgz ]]
    then
        # ${subject##*/} will cut the parent path from the value of the variable '$subject'
        echo "Processing: ${subject##*/}"

        # Create the new subject directory
        mkdir -p "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}"

        # Copy the .mgz file into the new directory
        cp "${subject}/mri/norm.mgz" "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}/"

        # Do the conversion to .nii (I'm not sure this is the correct syntax of mri_convert that you are using)
        mri_convert "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}/norm.mgz" "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}/norm.nii"
    fi
done