Ошибка установки HDF5 в последней версии Ubuntu 18.04LTS с компиляторами Intel
Хотя я без проблем использовал библиотеку HDF5 с Ubuntu версии 16.04 LTS, после обновления Ubuntu до Ubuntu 18.04 LTS у меня возникли проблемы при установке HDF5 с компиляторами Intel Fortran и C.
Я успешно установил HDF5 с gcc и gfortran.
Но мне нужно установить HDF5 с компиляторами Intel Fortran и C для дальнейшего использования научных вычислительных кодов, которые совместимы только с компиляторами Intel.
Я установил szip-2.1.1
а также zlib-1.2.11
на пути $HOME/LIB
с помощью
- ifort версия 18.0.2
- icc версия 18.0.2 (совместимость с gcc версии 7.0.0)
- ICPC версия 18.0.2 (совместимость с gcc версии 7.0.0) (parallel_studio_xe_2018_update2_cluster_edition, compilers_and_libraries_2018.2.199)
с этими флагами в профиле bash
export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F9X=ifort
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export FCFLAGS='-O3 -xHost -ip'
и попытался установить
hdf5-1.10.2
со следующей конфигурацией
./configure --prefix=$HOME/LIB --with-zlib=$HOME/LIB --with-szip=$HOME/LIB LD_LIBRARY_PATH=-L/home/scyook/LIB/lib CPPFLAGS=-I/home/scyook/LIB/include --enable-fortran --enable-cxx --enable-fortran2003
Однако появляется следующее сообщение об ошибке.
checking size of size_t... configure: error: in `/home/scyook/LIB/hdf5-1.10.2`:
configure: error: cannot compute sizeof (size_t)
это последние части config.log
. #define SIZEOF_INT32_T 0
. #define SIZEOF_UINT32_T 0
. #define SIZEOF_INT_LEAST32_T 0
. #define SIZEOF_UINT_LEAST32_T 0
. #define SIZEOF_INT_FAST32_T 0
. #define SIZEOF_UINT_FAST32_T 0
. #define SIZEOF_INT64_T 0
. #define SIZEOF_UINT64_T 0
. #define SIZEOF_INT_LEAST64_T 0
. #define SIZEOF_UINT_LEAST64_T 0
. #define SIZEOF_INT_FAST64_T 0
. #define SIZEOF_UINT_FAST64_T 0
configure: exit 77
Могу ли я получить помощь для решения этой проблемы?