Отображенные ключи не работают в некоторых приложениях

У меня есть клавиатура Apple, где правая клавиша управления (Super_R) отображается на правую клавишу Alt (ISO_Level3_Shift) с xmodmap:

$ cat ~/.Xmodmap 
clear mod4
keysym Super_R = ISO_Level3_Shift

Однако в некоторых приложениях, таких как Firefox и Thunderbird, правильные клавиши Command и Alt вообще отключены. Мой .Xmodmap недействительным?

Я также попытался переопределить коды клавиш в разделе xkb_keycodes свалки из xkbcomp а затем загрузить раскладку с xkbcomp но все же не повезло с Firefox и Thunderbird. Есть какие-нибудь подсказки?