Вот правильные методы:

Потоковая копия

Если вы просто хотите перекодировать, а не перекодировать, и если входные потоки совместимы с MP4, вы можете просто скопировать поток. Это быстро и сохранит качество:

mkdir out
for f in *.mov; do ffmpeg -i "$f" -c copy -movflags +faststart out/"${f%.mov}.mp4"; done

Переколировки

Если вы хотите перекодировать:

mkdir out
for f in *.mov; do ffmpeg -i "$f" -c:v libx264 -crf 23 -preset medium -c:a aac -strict experimental -b:a 192k -movflags +faststart out/"${f%.mov}.mp4"; done

регулировать -crf а также -preset в соответствии с вашими потребностями, как описано в FFmpeg Wiki: Руководство по кодированию видео H.264. Или просто полагаться на значения по умолчанию, если это выглядит приемлемым (-crf 23 -preset medium будет использоваться, если вы пропустите эти опции).

Информацию об аудио смотрите в FFmpeg Wiki: Руководство по кодированию аудио AAC.

Поток скопировать один поток, перекодировать другой

Конечно, вы можете сделать оба, если вы предпочитаете:

mkdir out
for f in *.mov; do ffmpeg -i "$f" -c:v libx264 -c:a copy -movflags +faststart out/"${f%.mov}.mp4"; done

Получение ffmpeg

Так как вы использовали ffmpeg тег, я предполагаю, что это то, что вы хотите использовать. Ubuntu 14.04 не предоставляет ffmpeg, но даже если бы это было так, я бы порекомендовал использовать последнюю сборку, так как разработка очень активна. У вас есть 4 основных варианта, как описано в FFmpeg на Ubuntu Trusty (статическая сборка или PPA - самый простой).