Использование диска останавливает Ubuntu на несколько секунд

Я установил Ubuntu 14.04 около 2 месяцев назад и около 1 месяца назад эта проблема стала возникать:

Всякий раз, когда используется жесткий диск (сохранение файла, загрузка файла, открытие файла... даже небольшие), вероятность того, что компьютер зависнет примерно на 20 секунд, составляет около 60%. Я могу двигать мышью, но ничего не реагирует. Когда я включаю сервер MySQL и Apache и просматриваю размещенный веб-сайт, он очень часто зависает.

Я не помню, чтобы что-то особенное было установлено месяц назад, что могло бы вызвать это. До этого у меня была Ubuntu 12.04 и все было хорошо. Моя оперативная память заполнена только наполовину, и приложение для тестирования системы ничего не показало.

Я использую ноутбук Lenovo Z570, двухъядерный процессор i5, 4 ГБ оперативной памяти. Один физический диск объемом 750 ГБ, три раздела NTFS (у меня двойная загрузка с windows) и файловая система linux.

Есть идеи, что может вызвать это? Большое спасибо за любую помощь!

РЕДАКТИРОВАТЬ: несколько новых вещей: Кажется, что эта ошибка относится только к домашней папке и подпапкам. Всякий раз, когда я создаю, копирую или удаляю файл или папку, все в порядке в течение 3 секунд, а затем жесткий диск начинает вращаться, и все зависает на 20-30 секунд. Я вспомнил, что, может быть, месяц назад мой друг изменил некоторые файлы конфигурации, чтобы мои три раздела подключались во время загрузки. Может быть, это могло вызвать эту проблему, но не могу сказать наверняка.

Снимок экрана системного монитора: