Установите OpenMPI из репозитория с GCC вместо Intel

Question

Установите OpenMPI из репозитория с GCC вместо Intel

Я хотел бы установить openmpi из репозитория и использовать его с GCC. Проблема в том, что я установил библиотеки Intel тоже, и это вызывает такие проблемы:

mpicc.openmpi --version
mpicc.openmpi: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Версия моего GCC:

gcc (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.2) 5.4.0 20160609

Я пытаюсь установить openmpi с помощью следующей команды:

sudo aptitude install  openmpi-bin libopenmpi-dev

Итак, как я могу установить OpenMPI из репозиториев таким образом, чтобы игнорировать библиотеки Intel и использовать только GCC?

РЕДАКТИРОВАТЬ

which mpicc.openmpi
/usr/bin/mpicc.openmpi

ldd $(which mpicc.openmpi)
linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffd6fc0000)
libopen-pal.so.13 => /usr/local/lib/libopen-pal.so.13 (0x00007f9b0c8d0000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f9b0c6b3000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f9b0c2e9000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f9b0bfe0000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f9b0bddc000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f9b0bbd3000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f9b0b9d0000)
libimf.so => not found
libsvml.so => not found
libirng.so => not found
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f9b0b7b9000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000056030ed59000)
libintlc.so.5 => not found

Я установил Intel пакет Intel® Parallel Studio XE | Программное обеспечение Intel® вручную (т.е../install_gui.sh).

РЕДАКТИРОВАТЬ 2

Я пытался переустановить OpenMPI с

sudo apt-get install --reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev

и с

sudo apt-get purge openmpi-bin libopenmpi-dev
sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev

но ни один из них не имел желаемого эффекта, библиотека все еще связывается с библиотеками Intel.

Библиотеки Intel расположены в /opt/intel,

РЕДАКТИРОВАТЬ 3

ls -l /usr/bin/mpicc.openmpi /usr/bin/opal_wrapper; apt-cache policy openmpi-bin libopenmpi-dev

lrwxrwxrwx 1 root root    12 Feb 25  2016 /usr/bin/mpicc.openmpi -> opal_wrapper
-rwxr-xr-x 1 root root 18928 Feb 25  2016 /usr/bin/opal_wrapper


apt-cache policy openmpi-bin libopenmpi-dev
openmpi-bin:
  Installed: 1.10.2-8ubuntu1
  Candidate: 1.10.2-8ubuntu1
  Version table:
 *** 1.10.2-8ubuntu1 500
        500 http://at.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/universe amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status
libopenmpi-dev:
  Installed: 1.10.2-8ubuntu1
  Candidate: 1.10.2-8ubuntu1
  Version table:
 *** 1.10.2-8ubuntu1 500
        500 http://at.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/universe amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status

10

apt software-installation gcc mpi

Источник

Alexandros Markopoulos 14 ноя '16 в 12:51

1 ответ

Решение

Другие вопросы по тегам apt software-installation gcc mpi

user.dz 16 ноя '16 в 10:41 2016-11-16 10:41 · Accepted Answer · 2016-11-16 10:41

Как кажется, Intel mpicc.openmpi перезаписал официальный из репозитория или одной из связанных библиотек.

Вот мой вывод:

~$ dpkg -S /usr/bin/mpicc.openmpi
libopenmpi-dev: /usr/bin/mpicc.openmpi

~$ ldd /usr/bin/mpicc.openmpi
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffd785f4000)
    libopen-pal.so.13 => /usr/lib/libopen-pal.so.13 (0x00007ff1d848d000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007ff1d8270000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007ff1d7ea6000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007ff1d7ca2000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007ff1d7a9a000)
    libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007ff1d7896000)
    libhwloc.so.5 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5 (0x00007ff1d765c000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000056499326f000)
    libnuma.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnuma.so.1 (0x00007ff1d7450000)
    libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007ff1d7246000)

Он не передает те недостающие библиотеки.

Чтобы это исправить, вы можете переустановить libopenmpi:
```
sudo apt-get install --reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev
```
Также обратите внимание /usr/local/lib/libopen-pal.so.13, Оно в /usr/local/lib/ папка, поэтому он имеет более высокий приоритет, чем официальный в /usr/lib/,
Проверьте все sud-версии, используя
```
ls -l /usr/local/lib/libopen-pal.so.13*
```
затем переименуйте их, пример
```
sudo mv /usr/local/lib/libopen-pal.so.13 /usr/local/lib/libopen-pal.so.13.backup
```