Невозможно запустить Ubuntu после установки зависимостей Gedit

Пока я пытался собрать Gedit в Ubuntu 16.04, я следовал обязательным зависимостям и устанавливал их неукоснительно. Я заметил, что потерял свой терминальный цвет и предустановленную тему gedit, а до этого pychess перестал работать из-за отсутствующих зависимостей. Поэтому я перезапустил машину. Теперь, когда я пытаюсь загрузить, после того, как я прохожу меню Grub, экран начинает мигать и ничего не происходит. Я определенно что-то сломал с пакетами GTK и всеми зависимостями.

Прежде всего, я не следовал правилу номер один: никогда не говори о бойцовском клубе. Всегда делайте резервную копию вашей системы. При этом я могу получить доступ к своей машине в режиме инициализации 3.
Поэтому, прежде чем сделать что-то глупое, я пришел за советом, а также обратиться за помощью...

Идея, которую я придумаю, состоит в том, чтобы зайти во все исходные файлы и сделать
sudo checkinstall с последующим sudo dpkg -r <package>,
Какое лучшее решение для восстановления системы без переустановки всего?
И как в будущем я могу избежать такой ситуации, когда мне нужно установить программное обеспечение из источника?
(Есть хороший учебник, чтобы объяснить процесс компиляции и хорошие рефлексы, чтобы иметь?)