Какие инструменты биоинформатики и вычислительной биологии доступны?
Сегодня меня попросили поискать научные версии Ubuntu. Они на самом деле ищут инструменты для проведения анализа последовательности ДНК, проверки белка, оценки и многих задач, связанных с биологией.
Первый:
Есть ли научная, биоориентированная версия Ubuntu
Существуют ли инструменты для проведения научного анализа, такие как пункты, упомянутые выше.
4 ответа
Я занимался поиском по различным операционным системам на основе Debian, RHEL и Virtal Machine и инструментам исследования вычислительной биологии и биоинформатики. Несколько заслуживающих внимания суммированы ниже:
Debian Med: операционная система Debian, которая особенно хорошо подходит для требований медицинской практики и биомедицинских исследований.
DNALinux: это виртуальная машина с предустановленным биоинформатическим программным обеспечением.
Bioknoppix: специализированный дистрибутив Knoppix Linux Live CD. Это идет с заявлениями, предназначенными для молекулярного биолога. Помимо использования некоторой оперативной памяти, Bioknoppix не касается главного компьютера (потому что это Live-CD) и идеально подходит для демонстраций, студентов по молекулярной биологии, семинаров и т. Д.
Vigyaan: ("Vigyaan" означает "Наука" на хинди. Но это не я слишком научный Linux). Vigyaan - это электронная рабочая среда для биоинформатики, вычислительной биологии и вычислительной химии. Он был разработан для удовлетворения потребностей как начинающих, так и экспертов. VigyaanCD - это живой компакт-диск с Linux, содержащий все необходимое программное обеспечение для загрузки компьютера с готовым программным обеспечением для моделирования. VigyaanCD v1.0 основан на KNOPPIX v3.7.
VLinux: дистрибутив и устройство Linux для студентов и исследователей в области биоинформатики. Он основан на OpenSUSE и построен с использованием Novell Suse Studio.
BioSLAX: это новый набор инструментов биоинформатики для CD/DVD, выпущенный ресурсной командой Центра биоинформатики (BIC) Национального университета Сингапура (NUS). Этот CD/DVD, загружаемый с любого ПК, работает под управлением сжатой версии SLACKWARE операционной системы LINUX, также известной как SLAX.
Bio-Linux 6.0: полнофункциональная, мощная, настраиваемая и простая в обслуживании рабочая станция по биоинформатике. Bio-Linux предоставляет более 500 программ биоинформатики на базе Ubuntu Linux 10.04. Существует графическое меню для программ по биоинформатике, а также легкий доступ к системе документации по биоинформатике Bio-Linux и примеры данных, полезных для тестирования программ. Вы также можете установить пакеты Bio-Linux для обработки типов данных последовательности нового поколения.
Мое мнение как биоинформатика - загружать и запускать любой вариант Linux, который вам подходит. Почти все они бесплатны для скачивания и использования. В своих исследованиях я использую Ubuntu и CentOS. Я поделюсь своим опытом.
CentOS: Если вы установите все библиотеки во время установки, вы не столкнетесь с большими проблемами позже. Я использовал пакет молекулярной динамики AMBER и Desmond на нем. Обычно он работает без особых проблем.
Ubuntu: Поскольку он не поставляется с множеством предустановленных библиотек, вы должны знать, где найти информацию о запуске программного обеспечения на нем. Тем не менее, поскольку Ubuntu очень популярен среди исследователей, я не вижу причин, почему вы не должны его пробовать. Если вы столкнулись с какими-либо трудностями при установке или запуске программного обеспечения, вы можете разместить вопросы в определенных списках рассылки, связанных с этим конкретным программным обеспечением. В программном центре Ubuntu доступны такие программы, как Pymol, AutoDock, Unipro UGENE и т. Д. Gromacs был доступен ранее (я не нашел его в 12.04).
Я настоятельно рекомендую вам предпринять одно временное усилие и установить все ваше полезное программное обеспечение в Ubuntu, а затем использовать Remastersys для создания копий вашей ОС, чтобы разместить ее на желаемом количестве рабочих столов и рабочих станций.
Лично я вижу огромную возможность иметь специализированную ОС Linux, предназначенную для аудитории биологии и химии.
Надеюсь, поможет.
Насколько мне известно, для этой цели не существует специального дистрибутива.
(Существует дистрибутив Scientific Linux, основанный на RedHat/Centos, но он в значительной степени разработан и предназначен для нужд физики высоких энергий (и не имеет каких-либо общих возможностей, отсутствующих в стандартной Ubuntu).)
Существует категория биологии (в области науки / техники) с набором пакетов, хотя количество специализированных научных приложений, упакованных с помощью Ubuntu, относительно невелико (и я ожидаю, что это также будет иметь место в других дистрибутивах, на которые вы можете посмотреть). Наука + Инженерия / Биология перечисляет несколько, но, кажется, не в курсе.
Тем не менее, многие научные инструменты, хотя и не находятся в официальных репозиториях, предоставляют ubuntu-совместимые (.deb) пакеты, которые вы можете загрузить (например, libSBML), или универсальные бинарные файлы linux (например, Copasi), или они не зависят от платформы (написаны на Java, python и т. д.) и, следовательно, должны работать довольно счастливо в Ubuntu (например, ImageJ).
Я использую Ubuntu для работы в области вычислительной биологии, хотя в основном это касается работы с инструментами общего назначения (например, R, python), а не со специализированными приложениями.
Я вижу, что есть несколько доступных ремиксов на Ubuntu Science, но все они, похоже, умерли. Похоже, что так обстоит дело со многими ремиксами Ubuntu, потому что часто они просто не предлагают всего, кроме автоматической установки некоторых приложений, поэтому они не получают критическую массу, необходимую разработчикам для их поддержания.,
Я бы предложил использовать надежный научный дистрибутив, такой как Scientific Linux, который используется (и разрабатывается) Fermilab, CERN и т. Д. Это дистрибутив, который в ближайшее время никуда не денется и имеет отличный поддержка со стороны научного сообщества. К сожалению, он основан на Red Hat, поэтому он может не полностью соответствовать вашим потребностям.
Если вам нужно использовать Ubuntu, в репозиториях доступно несколько научных приложений, просто запустите Ubuntu Software Center и выберите "Наука и техника" -> Биология. Я не уверен в полезности этих программ, так как это вне моей компетенции. Если бы их было достаточно, вы могли бы установить быстрый скрипт bash, который установил бы их все при установке нового компьютера.