Установка Wubi на систему с шифрованием всего диска?

Если вы можете расшифровать его при загрузке до загрузки Wubi, тогда да, в противном случае нет.

Например, Safeboot может сделать это, но ymmv. Как всегда, регулярно делайте резервные копии своих файлов.